Pour le proxy transparant, si j'ai bien compris la chaine, c'est :
Poste client -> passerelle par default - iptable (80) -> passerelle par default - tproxy (81) -> passerelle par default - privoxy (8118) -> internet

Le soucis, c'est quand je fais du ftp ou du https, ça ne doit pas passer, ces services ne sont pas pris en charge par la configuration. Pis les protocoles streamés genre windows média machin et autres vidéo/sons

As-tu validé (rhôôô le méchant mot qui me rapelle le boulôt) pour les autres protocoles?
Allez, je la refais :
As-tu vu pour les autres protocoles?